Als kalkliebende Art kommt das Helm-Knabenkraut ausschließlich im südlichen Niedersachsen vor, im nördlichen Flachland fehlt die Art komplett. In der Roten Liste wird die Orchidee im Flachland mit RL0 (ausgestorben) und im Hügel- und Bergland mit RL2 (stark gefährdet) bewertet.