In früheren Zeiten wurde die Kleine Braunelle zur Behandlung von Diphtherie eingesetzt. In der Naturheilkunde wird Prunella vulgaris bei Erkrankungen der Atmungsorgane, zur Blutdrucksenkung oder bei Verdauungsschwäche eingesetzt. Eine äußerliche Anwendung soll bei Entzündungen, Wunden oder Herpes hilfreich sein.