Der Kleine Klappertopf ist ein Halbschmarotzer, über das Wurzelsystem werden andere Pflanzen (bevorzugt Süßgräser) angezapft um zusätzliche Nährstoffe zu erhalten. Die Blütezeit reicht bei dieser Art von Mai bis August, die Bestäubung erfolgt überwiegend durch Hautflügler (Hummeln u.a.). Nach der Fruchtreife verbleiben die Samen für einige Wochen in den Kapseln, bei Bewegung klappern die Früchte. Die Samen werden durch den Wind oder durch Tiere verbreitet.